Ну тогда вот так. Должен быть в nginx прописан сайт для начала без ssl, то есть просто http. Потом запустить
certbot certonly --nginx
Он вывалит список сайтов из nginx и предложит выбрать нужный по номеру и запросит и создаст сертификат
Потом в этот сайт уже прописать в nginx
ssl_certificate
и
ssl_certificate_key
По аналогии с /etc/nginx/sites-available/vbox.git2.megaputer.ru
Там в /etc/letsencrypt/live/ появятся после ыпуска сертификата каталоги по его названию. И в конфиге нужно будет прописать аналог
ssl_certificate     /etc/letsencrypt/live/vbox.git2.megaputer.ru/cert.pem;
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/vbox.git2.megaputer.ru/privkey.pem;